A Strand-seq-et eredetileg eszközként javasolták a testvér-kromatid cserék feltárására. Az egyes sejtekre lokalizált fellépésként egynél több sejt DNA szekvenálása abszolút szétszórja ezeket a hatásokat, és arra utal, hogy nincs SCE esemény. Ezenkívül a klasszikus egysejtes szekvenálási technikák nem képesek ezeknek az eseményeknek a bemutatására heterogén amplifikációs torzítások és kettős szálú konkatenációs információk miatt, ezért szükségük van a Strand-Seq-re. A referencia-igazítási információk felhasználásával a kutatók felfedhetik az SCE-t, ha egy öröklött sablon szál iránya megváltozik.
Az elferdült mellékhatások azonosítása
Az elferdült kontigok szignifikáns arányban vannak jelen a referencia genomokban (pl. 1% az egér referencia genomjában). A Strand-Seq a szekvenálási módszerekkel összehasonlítva felfedi ezeket az elferdüléseket. A téves orientációjú contigok akkor fordulnak elő, amikor a szál öröklődése az egyik homozigóta állapotról a másikra változik (pl. WW a CC, vagy CC a WW). Ezenkívül ez az állapotváltozás látható minden Strand-seq könyvtárban, megerősítve egy téves orientációt.
263A. Kép | A BAIT kimenete, amely mind a Watson (W, zöld), mind a Crick (C, kék) szál olvasási számát mutatja. Minden olvasott felsorolt sáv mutatja az elemzések számát a referenciagenom adott 200 kb méretű binjéhez igazítva. Innentől a szülői sablon szál öröklődése vezethető le. Például, ha egy 200 kb-os kromoszómális szegmens mindkét példányát a szülői sejt Watson templát szálaiból szintetizáljuk, akkor ezt egy nagy zöld sáv képviseli, amely tisztán a W igazodást jelzi abban a kromoszómális régióban. Ugyancsak a templát szál öröklésének homozigóta és heterozigóta állapota közötti váltást nővér kromatid cseréknek (SCE) kell értelmezni. | Maia.smith / Attribution-Share Alike 4.0 International | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Bioinformatic_Analysis_of_Inherited_Templates_(BAIT)_Output.png) from Wikimedia Commons
Szerző : Yavor Mendel
Megjegyzések
Megjegyzés küldése