A footprinting technika adaptálásához a friss detektálási módszerekhez a jelölt DNA fragmentumokat kapilláris electrophoresis eszköz detektálja, inkább egy poliakrilamid gélen futtatva. Ha az analizálandó DNA fragmenst polimeráz láncreakcióval állítjuk elő( PCR), akkor egyszerűen összekapcsolunk egy fluoreszcens molekulát, amint azt a karboxi-fluoreszcein (FAM) mutatja a primerekhez. Ily módon a DNaseI emésztéssel előállított fragmensek FAM-ot fognak tartalmazni, és a kapilláris segítségével kimutathatók electrophoresis gép. Általában a karboxi-tetrametil-rodamsin (ROX) -jelöléssel ellátott méret-standardokat hasonló módon adják hozzá az analizálandó fragmensek keverékéhez. A másolási tényezők kötőhelyeit így sikerült azonosítani.
Genom-szintű vizsgálatok
A következő generációs szekvenálás lehetővé tette, hogy egy genom szintjén legyen kéznél a DNA lábnyom. A DNase-Seq és a FAIRE-Seq által bemutatott nyílt kromatin-vizsgálatok bebizonyították, hogy sok sejttípus számára robusztus szabályozási környezetet biztosítanak. Mindenesetre ezek a vizsgálatok megkövetelik a szabályozásban néhány downstream bioinformatikai elemzést, hogy genomszintű DNA lábnyomot biztosítsanak. A javasolt számítási eszközöket két osztályba lehet sorolni: szegmentálás-alapú és hely-központú megközelítések.
142A. Kép | 3. ábra. A (automatizált) Ribosomal Intergen Spacer vizsgálatnak nevezett mikrobiális ujjlenyomat-módszer. Az ábra mind az Automatikus RISA (1. út), mind az RISA (2. út) eredményét mutatja. | Ilyanassa / CC BY-SA (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/legalcode) | Page URL : (https://en.wikipedia.org/wiki/File:Step-by-step_procedure_of_using_ARISA_analysis_in_microbiology.pdf) a Wikimedia Commonsból
Szerző : Milos Pawlowski
Megjegyzések
Megjegyzés küldése